De conformidad con los Estatutos de la Universidad Nacional Daniel Alcides Carrion, la autoridad más alta de la Facultad es el Decano, asistido en su labor por la Oficina de Asuntos Académcos de la Facultad y el Consejo de Facultad. Las actuales autoridades académicas de la Facultad de Salud son: Consejo de Facultad, Oficina de Asuntos Académicos y Directores de las Escuelas que cuenta la Facultad.